由于化學肥料的大量投入，土壤生態遭到嚴重破壞，土壤中各種養分嚴重失衡，各種有益生物急劇減少。并且過量施用化肥，會導致土壤嚴重板結，板結會使土壤保持水分和養分的能力變差，影響作物根系生長，降低作物產量。